Din cele 8 grupe de ecosisteme identificate în Europa (conform clasificării Corine Biotopes Projet), 6 sunt reprezentate în Munţii Măcinului: păduri, tufărişuri şi pajişti, râuri, mlaştini, stâncării şi grohotişuri, situri arheologice. Cele mai reprezentative şi extinse eco­sisteme forestiere sunt edificate de pădurile moesic-vest pontice de gorun, carpen şi tei argintiu, cu Fraxinus coriarefolia, Nectaroscordum siculum ssp. bulgaricum, în complex cu păduri de gorun, cărpiniţă, tei argintiu şi alte păduri xeroterme (situate la altitudini de peste 250 m) şi de pădurile vest pontice de ste­jar pufos, carpiniţă şi mojdrean, cu Paeonia peregrina, Asparagus verticillatus şi Pyrus elaeagrifolia (150 - 250 m). În parc există şi habitate fragile de pajişti, fâneţe cu pădure şi stâncării silicioase, caracte­rizate printr-o mare diversitate de specii rare sau vulnerabile, care vegetează în biotopuri cu condiţii extreme (climatice, edafice etc.) sau situate la limita arealelor naturale de vegetaţie, care necesită să fie conservate prin constituirea de noi arii protejate. Ecosisteme fragile pot fi considerate şi cele forestiere situate la limita de vegetaţie naturală, datorită regenerării naturale dificile a arboretelor, cauzată de condiţiile climatice nefavorabile, paşunat abuziv şi diminuarea continuă a speciilor autohtone valoroase din ecosisteme (goruni, stejari, frasini etc.) Cea mai mare ameninţare pentru biodiversitate o constituie dis­trugerea zonelor stâncoase cu specii rare, datorită carierelor de granit.

Habitatele prioritare din PNMM conform clasificării Paleartice din 1999 sunt:

 Habitat: !41.1 Păduri de fag
    o Habitat: 41.1F Pădure de fag din Dobrogea
    Asociaţia şi tipul de pădure: 
        - Tilio-Corydali-Fagetum; 
        - Carpino-Fagetum tilietosum tomentosae;
        - 5314 Şleau de deal cu gorun şi fag de productivitate mijlocie; 
        - 4231 Făgeto-cărpinet dobrogean cu Carex pilosa.
 Habitat: !41.2 Păduri de stejar şi carpen
    o Habitat: 41.2C22 Păduri de gorun cu carpen din Moldova şi Muntenia
    Asociaţia şi tipul de pădure:
        - Tilio tomentosae – Carpinetum betuli;
        - 5321 Goruneto-şleau de  productivitate superioară; 
        - 5322 Şleau de deal cu gorun de productivitate superioară; 
        - 5323 Goruneto - şleau de productivitate mijlocie; 
        - 5324 Şleau de deal cu gorun de productivitate mijlocie; 
        - 5331 Şleau de deal  dobrogean  de productivitate mijlocie.    
 Habitat: !41.7 Păduri termofile şi submediteraneene de stejar
    o Habitat: 41.73724 Păduri moesice de stejar pufos cu Galium dasypodum
    Asociaţia şi tipul de pădure:
        - Galio dasypodi - Quercetum pubescentis; 
        - 8221 Stejar pufos pur din silvostepă pe substrat de loess sau lut (faciesul cu scumpie); 
        - 8223 Stejar pufos pur din silvostepa dobrogeană pe sol superficial. 
    o Habitat: 41.73723 Păduri moesice de stejar pufos cu Paeonia peregrina
    Asociaţia şi tipul de pădure:
        - Paeonio peregrinae – Carpinetum orientalis;
        - 8212 Stejar pufos pur  pe sol profund  din Dobrogea; 
        - 8213 Stejar pufos cu cărpiniţă din zona forestieră; 
        - 8224 Stejar pufos cu cărpiniţă din silvostepă; 
        - 8531 Stejăreto-şleau dobrogean cu stejar pufos; 
        - 8221 Stejar pufos pur din silvostepă pe substrat de loess sau lut (situaţiile din Dobrogea cu cărpiniţă şi mojdrean); (14) Amestec de  gorun şi stejar pufos;(29)Stejăreto-şleau de gorun şi stejar pufos; (17) Amestec de stejar pufos şi gârniţă; 
        - 8531 Stejăreto-şleau dobrogean cu stejar pufos; 
        - 8224 Stejar pufos cu cărpiniţă din silvostepă.     
    o Habitat: 41.7683 Păduri de carpen, tei, stejar din Dobrogea - subalianţa Carpino -Tilienion tomentosae, ce cuprinde cele trei subunităţi de mai jos:
    o Habitat: 41.76831 Păduri de gorun cu Paeonia peregrina din Dobrogea
    Asociaţia şi tipul de pădure:
        - Fraxino orni – Quercetum dalechampii;
        - 5161 Gorunet normal cu cărpiniţă (m); 
        - 5162 Gorunet cu cărpiniţă de productivitate inferioară (i); 
        - 5163 Gorunet cu scumpie.
    o Habitat: 41.76832 Păduri de gorun, tei, cărpiniţă, frasin din Dobrogea 
    Asociaţia şi tipul de pădure:
        - Nectaroscordo - Tilietum tomentosae (inclusiv  Galantho plicatae - Tilietum tomentosae) 
        - 5332 Goruneto – şleau dobrogean de productivitate inferioară (i); 
        - 5333 Şleau dobrogean de productivitate inferioară (i); 
        - 5325 Şleau de silvostepă cu gorun.  
    o Habitat: 41.76833 Păduri de stejar brumăriu, tei, cărpiniţă din Dobrogea
    Asociaţia şi tipul de pădure:
        - Querco pedunculiflorae  - Tilietum tomentosae (Syn.: Polyquerco - Tilietum tomentosae  - în Sanda 2002);
        - 8511 Şleau de silvostepă cu stejar brumăriu; 
        - 8521 Stejăreto - şleau  dobrogean cu stejar brumăriu şi stejar pufos; 
        - 8422 Amestec de gorun şi stejar brumăriu din Dobrogea.
    o Habitat: 41.7A221 Păduri pontice de silvostepă de stejar brumăriu cu arţar tătăresc
    Asociaţia şi tipul de pădure:
        - Quercetum pedunculiflorae (Syn.: Violo suavis - Quercetum pedunculiflorae, Centaureo stenolepi -  Quercetum pedunculiflorae -  în Sanda 2002), inclusiv Quercetum pedunculiflorae subas. Carpinetosum;
        - 8111 Stejar brumăriu pur pe cernoziom puternic degradat cu substrat de loess; 
        - 8115 Stejar brumăriu din silvostepă de deal dobrogeană de productivitate mijlocie; 
        - 8116 stejar brumăriu tardiflor de silvostepă dobrogeană de productivitate mijlocie; 
        - 8311 Amestec de stejar brumăriu şi stejar pufos; 
        - 8511 Şleau de silvostepă cu stejar brumăriu (faciesuri cu stejar pufos); 
        - 8512 Şleau de silvostepă din regiunea de dealuri (faciesuri cu stejar pufos, tei, ulm, frasin);
        - 8513 Stejăreto - şleau dobrogean cu stejar brumăriu.     
 Habitat: !93 Silvostepe
    o 34.92 Stepe ponto-sarmatice; 
    o 34.9211 Stepe vest-pontice cu cimbrişor (Thymus zygoides); 
    o 34.9213 Stepe vest-pontice cu colilie (Stipa sp.); 
    o 31.8B721 Tufărişuri ponto-sarmatice cu păducel ( Crataegus sp.); 
    o 31.8B71 Stepe ponto-sarmatice cu tufărişuri; 
    o 41.73723 Păduri moesice de stejar pufos (Quercus pubescens) cu Paeonia peregrina;
    o 41.7A221 Rarişti pontice de stejar brumăriu (Quercus pedunculiflora) cu Acer tataricum;
    o 41.73724 Păduri moesice de stejar pufos (Quercus pubescens) cu Galium dasypodium.

Conform clasificării CORINE în perimetrul PNMM există următoarele tipuri majore de habitate:

1. Habitate de stâncărie: În compoziţia vegetaţiei saxicole intră o serie de specii adaptate la condiţiile ecologice specifice zonelor stâncoase, cum sunt: Alyssum saxatile, Moehringia grisebachii, Campanula romanica, Dianthus nardiformis, Sempervivum ruthenicum Polypodium vuIgare, Asplenium trichomanes, Asplemium. ruta muraria, Cystopteris fragilis, Silene compacta etc. Acest tip de habitat este răspândit în majoritatea Culmii Pricopanului şi partea vestică şi sudică a Culmii Măcinului.

2. Habitate stepice: Specii ierboase reprezentative pentru habitatele stepice (majoritar instalate pe un substrat pietros) sunt: Allium rotundum, Artemisia austriaca, Botriochloa ischaemum, Convolvulus canthabrica, Dianthus nardiformis, Festuca valesiaca, Kochia prostrata, Poa bulbosa etc. Asociaţiile vegetale (fitocenoze) caracteristice acestui tip de habitat sunt: Festucetum valesiacae, Poaetum bulbosae şi Teucrium polium - Scleranthus perennis (pe versanţii şi de la baza Culmii Pricopanului, sud-vestul Culmii Măcinului propriu-zise), Kochietum prostratae (la baza vesanţilor de la Culmea Pricopanului), Andropogonetum ischaemi (pe Culmea Pricopanului şi în zonele de stepă şi silvostepă de pe Culmea Măcinului propriu-zisă), Agropyretum cristatae (la baza dealului Cheia) şi Sambucetum ebuli (locul fostelor stâni din zona Culmii Pricopanului).

3. Habitate de pădure: Habitatele forestiere din perimetrul parcului naţional pot fi încadrate în etajul pădurilor mezofile balcanice. Asociaţiile sunt edificate de speciile Quercus petraea, Q. dalechampii, Q. polycarpa, în amestec specii de tei (Tilia cordata, T. tomentosa, T. platyphylos), frasin (Fraxinus excelsior, F. ornus), carpen (Carpinus betulus) şi cărpiniţă (Carpinus orientalis). Asociaţiile caracteristice acestui tip de habitat sunt Galantho (plicatae) – Tilietum (tomentosae), Nectaroscordo - Tilietum (tomentosae), Querco (pedunculiflorae) – Tilietum (tomentosae), Tilio (tomentosae) - Carpinetum (betuli) şi asociaţia de tip fageto-cărpinet dobrogean cu Carex pilosa (acest ultim tip de vegetaţie are o distribuţie limitată la zona Valea Fagilor).

4. Habitate de silvostepă: Habitatele de tranziţie dintre silvostepă şi pădurile mezofile sunt reprezentate de păduri xeroterme submediteraneene (acestea având în general o structură fragmentată). Asociaţia vegetală caracteristică acestui habitat de tranziţie este Paeonio (peregrinae) - Carpinetum (orientalis). Habitatele tipice de silvostepă sunt caracterizate printr-o alternanţă de pâlcuri de pădure şi pajişti stepice sau stâncării. Asociaţiile carateristice acestui tip de habitat sunt Achilleo (coarctatae) - Quercetum pubescentis şi Gymnospermio (altaicae) - Celtetum glabratae.

5. Zone umede: Acest tip de habitat este localizat în zona izvoarelor şi de-a lungul cursurilor de apă (majoritatea acestor fiind temporare). Speciile caracteristice zonelor umede sunt: Phragmites australis, Solanum nigrum, Potentilla reptans, Heleocharis palustris, Juncus gerardi, Lythrum thymifolia, L. salicaria, etc.