Cu toate că pe teritoriul Parcului au fost efectuate studii floristice şi faunistice, multe relaţii ecologice sunt încă puţin cunoscute. Este nevoie de studii mai aprofundate privind succesiunea vegetaţiei pe stâncării, evoluţia vegetaţiei în diferitele stadii de fixare a carierelor, evoluţia vegetaţiei în pajişti, succesiunea vegetaţiei în pădurile exploatate, etc. De asemenea sunt necesare studii privind relaţiile existente între diversele componente ale ecosistemelor şi a factorilor care pot crea dezechilibre ecologice în zonă.

Muntii Macinului sunt in acelasi timp unici si reprezentativi cel putin la nivel national. Astfel, ei constituie o originala combinatie intre caracterul de sinteza a tuturor erelor geologice si specificitatea lor biogeografica, atribuita de interferenta in aceasta arie a limitei sudice a speciilor central-europene si caucaziene, limitei nordice a celor mediteraneene,balcanice si pontice, precum si a limitei vestice a unor specii asiatice. Acesti munti reprezinta in acelasi timp limita nordica a partii submediteraneene a Peninsulei Balcanice ,constituind o unitate distincta a Provinciei floristice macedo-tracice.

Caracterul lor reprezentativ la nivel national este conferit de prezenta aici a trei etaje de vegetatie caracteristice, in special pentru Podisul Dobrogean, cum sunt padurile mezofile de foioase balcanice, padurile xeroterme submediteraneene si silvostepa cu paduri submediteraneene.

Vegetatia erbacee este in special reprezentativa pentru stepa pontica, raspandita in Romania pe suprafete reduse si fragmentate, predominant in Dobrogea. Astfel, asociatia Agropyretum cristatae este pana in prezent, citata in Romania doar in aceasta regiune.

Din cauza climatului arid, vegetatia zonelor umede este intalnita pe suprafete reduse. Prezenta speciei amenintate Lythrum thymifolia sporeste valoarea nationala a unora dintre aceste asociatii. Muntii Macinului reprezinta ,,rezervorul genetic’’ pentru specii deosebita pentru ,,zestrea’’ diversitatii vegetale romanesti cum sunt: Coridalys x dobrogensis, Euphorbia macinensis si Herniaria glabra var. dobrogensis.

Pe teritoriul unei tari reteaua de arii protejate trebuie sa fie proiectata astfel incat sa acopere intreaga heterogenitate a structurii ecologice a tarii respective astfel incat aceasta retea sa constituie reteaua cadru a intregului mozaic national de ecosisteme naturale si seminaturale. In conditiile in care in perimetrul PNMM sunt prezenti 50% din taxonii vegetali nationali si este parte componenta a celui mai important culoar de migrare a pasarilor din tara noastra si chiar european, este foarte important sa intelegem care sunt procesele ecologice ce se desfasoara la nivel de ecosisteme, complex regional de ecosisteme, in interferenta si schimburile energetice dintre cele din interiorul parcului si cele situate la limita acestuia. Este gresit a se considera ca se poate asigura pe termen lung o conservare durabila prin realizarea unui management care sa priveasca numai diversitatea din interiorul parcului. Protectia intr-un mod ,,insular’’ face ca in cadrul dispersiei populatiilor sa existe un sens de curgere a diversitatii dinspre parc spre zonele ecotonale si imprejurimi iar intrarile sa fie din ce in ce mai sarace astfel incat se poate ajunge la extinctia unor specii de importanta locala, nationala sau ecoregionala. Este important ca odata cu adoptarea planului de management sa se monitorizeze factorii de comanda externi in zonele ecotonale situate la limita parcului national, in aceste zone de interfata avand loc procese active, mult mai sensibile fata de actiunea factorilor de comanda antropici, aceste zone constituind habitatele multor specii vulnerabile sau amenintate in PNMM (spatii pentru microevolutie) : popandaul, jderul de piatra, soimul dunarean, pietrarul.

In zonele ecotonale(areale simpatrice) se vor amplasa piete permanente de monitorizare a parametrilor structurali si functionali ai ecosistemelor care se intind atat in suprafata parcului cat si la limita acestuia, prin astfel de monitorizari verificandu-se fluctuatiile factorilor de comanda exogeni si endogeni si vom avea posibilitatea de a trage semnalul de alarma atunci cand modificarile parametrilor depasesc capacitatea mecanismelor de reglaj naturale ale acestor ecosisteme.Tot aici se acorda o importanta deosebita mesajului dat de modul de distributie a unei populatiei in cadrul biotopului: intamplatoare, grupata sau simetrica.

Un alt aspect esential in studiul proceselor ecologice din perimetrul parcului este studiul succesiunilor care au loc la nivelul diversitatii din parc si la limita acestuia atat in ce priveste componenta faunistica dar mai ales cea floristica. De cele mai multe ori se motiveaza ca redundanta speciilor este suficienta in a suporta presiuni din ce in ce mai mari de catre ecosistem neglijandu-se faptul ca peste un anumit grad de pierdere a diversitatii capacitatea de autoreglare a ecosistemului este pierduta ireversibil. Se va urmari permanent succesiunea asociatiilor la interferenta dintre ,,pajistile stepizate’’ si ,,padurile de silvostepa”, de-a lungul timpului parerile specialistilor privind cauzele succesiunilor naturale in interiorul si intre cele doua tipuri de ecosisteme fiind impartite. Se pun bazele unor observatii de lunga durata care pot confirrna sau infirma evolutia celor doua tipuri de ecosisteme ,succedarea lor reciproca cu sau fara influente antropice si ce etapa reprezinta fiecare din ele fata de starea de ,,climax relativ”. Un aspect deosebit de urmarit este dinamica asociatiilor vegetale in poienele din Zona de conservare durabila in care pana la infiintarea parcului existau influente antropice din care semnificativa era cositul in scopul obtinerii de furaje. Astfel in aceste poieni antropizate, chiar daca putine la numar, sau specializat de-a lungul timpului anumite canale de materie, energie si informatie si de aceea o neinterventie ar putea duce la o competitie din care sa rezulte eliminarea unor specii prioritare de talie mica. De aceea in aceste zone se vor face inventarieri taxonomice complete dupa care interventia prin cosire se va face doar in piete martor reprezentand 10% din suprafata poienii urmand ca rezultatele sa duca la aplicarea unei solutii viabile, optime din punct de vedere ecologic.

Odata cu interzicerea vanatorii in parcul national are loc o crestere si evolutie nealterata a lanturilor trofice faunistice din perimetrul si de la limita parcului. Se vor face evaluari prin metode specifice grupurilor de specii astfel incat sa se sesizeze imediat orice dezechiilbru major care ar putea duce la extinctia unei specii. Ecosistemele naturale au o evolutie catre optim fata de sistemele antropice care sunt dirijate spre maxim de multe ori in detrimentul celor naturale. De aceea prezenta pradatorilor de varf intr-un anumit numar este esentiala pentru starea de sanatate si evolutie normala a ecosistemului si nu mai trebuie vazuta ca o prezenta perturbatoare asa cum era vazuta pana la infiintarea parcului. Tinand seama ca speciile componentei faunistice nu cunosc in dispersia lor ,,granitele” parcului este necesara o analiza comparativa permanenta a rezultatelor evaluarilor din interiorul parcului cu cele efectuate in terenurile invecinate in care se se exercita vanatoarea unde ar trebui sa se dezvolte ulterior observatiilor faunistice comparative, un model de selectie care sa tina cont de proportia speciilor pe suprafata si a marimii fiecarei populatii asa cum exista ele in perimetrul parcului unde selectia este naturala.

Parcul National Muntii Macinului este un sanctuar al diversitatii unde cu siguranta pot fi studiate relatii intraspecifice si interspecifice, succesiuni naturale si speciatii care nu pot fi intalnite in nici o alta zona a tarii noastre. De mare importanta in studiul schimbului de informatii si materie intre componente complementare de module trofice ale biodiversitatii sunt doua zone cu regim diferit de protectie: zona Culmea Pricopan din PNMM si zona Lacul Sarat in administrarea CL Macin. Se va analiza impreuna cu CL Macin si comunitatea locala posibilitatea unui management integrat a celor doua zone prin infiintarea unui coridor ecologic intre cele doua rezervoare de biodiversitate si includerea lor in programe comune de constientizare si ocrotire. Lacul Sarat prin habitatele de mlastina si apa de suprafata sporeste capacitatea de autoreglare a ecosistemelor invecinate, deci implicit pe cea a teritoriului din PNMM, pe langa impactul functional complementar pentru habitatele prioritare din parc, dezvaluind si un potential peisagistic unic.